Dunajec to rzeka o długości 251 km. Powstaje z połączenia rzek Czarny i Biały Dunajec, łączących się pod Nowym Targiem. Poziom wody ulega dużym okresowym wahaniom. Temperatura wody jest niska: 6,5 - 14oC /w lecie/. Wody Dunajca są typu wodoroweglanowo-wapniowego, dominują kationy Ca+2, Mg+2, aniony: CO3-2, SO4-2.
Rzeka przepływa przez Jezioro Czorsztyńskie i przepływa przez Pieniny tworząc malowniczy przełom, po którym tradycyjnymi tratwami pływają flisacy.
W rejonie Pienin żyje w rzece 17 gatunków ryb. Obecnie najczęściej występują tu świnka, brzana, kleń, lipień. Gatunki ryb łososiowatych, tj. pstrąg potokowy, głowacica, czy przedstawiciele głowaczowatych: głowacz pręgo- i białopłetwy, niestety należą w Dunajcu do rzadkości. Wzrasta natomiast liczba gatunków charakterystycznych dla rzek nizinnych: leszcz, ukleja, płoć, lin. Zmiana składu ichtiofauny spowodowana jest istnieniem jeziora czorsztyńskiego. Powstanie zapory wpłynęło na uśrednienie przepływu rzeki, wzrost temperatury wody. Te czynniki decydują o zmniejszeniu zdolności rzeki do samooczyszczania. Uśrednienie przepływu oraz utrzymujący się, mimo budowy sieci oczyszczalni ścieków, wysoki poziom biogenów dostarczanych do rzeki skutecznie eliminuje z niej gatunki górskie.
Z ekosystemem Dunajca związane są również ptaki. Dla tej grupy zwierząt wybudowanie sztucznego jeziora wydaje się być zjawiskiem korzystnym. Coraz częściej w sąsiedztwie zbiornika spotykane są: mewa srebrzysta, perkoz dwuczuby, bernikla białolica, czapla siwa, rybitwa zwyczajna gniazdująca na specjalnie usypanej sztucznej wyspie, jaskółka brzegówka - budująca gniazda w naturalnych niszach w koronie zapory, pluszcz, kaczka krzyżówka, bocian czarny czy pliszka górska.
© Schronisko "Trzy Korony" - Pieniny 2011